手足口病在我国早有流行。从上世纪80年代以来，我国大陆北京、河北、天津、福建、吉林、山东、湖北、西宁、广东等十几个省（市）都曾有发生手足口病的报道。1998年在我国台湾省发生了EV71感染引起的手足口病和疱疹性咽峡炎暴发，在6月和10月两波流行中，共监测到129106病例，其中重症病人405例，死亡78例，大多为5岁以下的儿童，并发症包括脑炎、无菌性脑膜炎、肺水肿或肺出血、急性软瘫和心肌炎。2000年5-8月山东省招远市小儿手足口病暴发，市人民医院接诊患儿1698例，年龄最小5个月，最大14岁，3例合并暴发性心肌炎死亡。2007年，全国共报告手足口病病例83344例，死亡17例，仅山东省就报告了手足口病病例39606例，北京、上海等大城市也有上万例手足口病病例报告。